適格合併とは
合併のうち、合併時に法人税が課されない合併のこと。一定の要件（税制適格要件）を満たすと適用される。グループ内合併と共同事業形成が要件だが、容易に要件を満たせることから、ほぼすべての合併が該当する。
合併の税務上の取扱い
法人税法上原則的な合併である非適格合併では、消滅会社にて一旦すべての資産負債が時価評価され、税金を発生させてから存続会社に引き継がれる。
また、合併消滅会社の株主は一旦投資を精算し、含み損益を課税されたうえで新しい株式を時価で手に入れる。
これに対し、適格合併と判定されると、消滅会社の資産負債は帳簿価額で存続会社に移転し、税金は発生しない（課税が繰り延べられる）。
合併消滅会社の株主も、端数にならない限りは課税が発生せず、消滅した株式の取得価額を新しい会社の株式の取得価額に付け替える。
詳しくは以下の姉妹サイトで確認されたい。
適格合併の要件
適格合併の要件を一言でいうと、「いずれか一方の会社が、合併によって一方的に買収するタイプの合併ではないこと」ということになる。具体的には、「グループ内再編または共同事業の形成」ということになる。細かい要件は以下の姉妹サイトにまとめてあるので参照してほしい。
以下ではその概要を説明する。
企業グループ内の再編とは
支配関係（持株50%超）のグループ企業間で行われる合併のこと。
このような合併では同一の支配関係内で資産負債が移動しているだけで資産負債が売買されたわけではないと考え、資産負債の含み損益を実現させない。
共同事業の形成とは
存続会社、消滅会社のいずれかが一方的に買収するような合併ではなく、２つの会社が自主性を保ったまま１つの会社に合流するタイプの合併のこと。名実ともに対等の精神による合併を指す。
このような合併では、単に組織の垣根が取り払われただけであり、資産負債が一方的に売買されたわけではないので、資産負債の含み損益は実現させない。
なお、単に「対等の精神」と言っているだけでは不十分で、「会社規模が乖離していない」か「双方からの出身者が新会社の経営を担う」ことが必要である。
ほとんどの合併が適格合併である理由
非適格合併は上記の要件を満たさない場合、つまり、いずれか一方の会社が合併によって一方的に買収するタイプの合併の場合には、多額の税が生じてしまう。
しかし実務上は、まったく資本関係のない会社同士が一方的に合併することは極めて稀で、一旦買収サイドが売却サイドの全株式を取得してから合併することになる。そちらのほうが圧倒的に手続きが容易だからである。
このような場合、合併によって買収されたのではなく、事前の株式取得によって買収されたことになり、合併そのものはグループ内再編と判定される。したがって、ほとんどの場合は適格合併に該当する。
繰越欠損金は引き継げるのか
適格合併か否かの判定と、合併消滅会社が持っている繰越欠損金を引き継げるか否かという判定は、まったく別の問題として考える必要がある。
法人税法では、繰越欠損金目当てのM&Aは租税回避行為であると考えられており、極めて厳しい要件が課されている。さらに、合併存続会社が繰越欠損金を持っている場合、これが使えなくなるリスクもある。
詳しくは以下の姉妹サイトにまとめられているので、参考にしてほしい。
▶うっかり用心！合併で繰越欠損金を取り込む際の注意点｜組織再編税制とらの巻[姉妹サイト]
特定資産の譲渡等損失に注意
見落としがちな留意点として、「特定資産の譲渡等損失の損金算入制限」という制度がある。
多額の含み損失のある資産を抱える会社をそれ目当てで買収し、適格合併後に売却することで、本来合併消滅会社が落とすべき損失を合併存続会社に付け替えることができてしまう。これを防ぐために、合併後３年以内などの一定期間は多額の損失を計上できないという制度である。
こちらもうっかり見落とすと非常に大きな税務ロスを発生させる。こちらも以下の姉妹サイトにまとめてあるので、合併を実施する際には必ず目を通していただきたい。
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